โดยรวมแล้ว ความแตกต่างหลักระหว่างอนิเมะและมังงะนั้นง่ายนิดเดียว นั่นคือ แอนิเมชันและอีกอันอยู่ในรูปแบบของรูปภาพและคำพูดบนกระดาษ แม้ว่านี่จะเป็นความแตกต่างหลัก แต่ก็ยังมีความแตกต่างที่ลึกซึ้งอื่นๆ อีกมากมายที่จะไม่มีใครสังเกตเห็น เช่น ดูเฉพาะเวอร์ชันอนิเมะของซีรีส์ที่อยู่ในรูปแบบมังงะด้วย
ในวัฒนธรรมตะวันตก อนิเมะหมายถึงแอนิเมชั่นที่มีต้นกำเนิดในญี่ปุ่น ในขณะที่ในญี่ปุ่น อนิเมะหมายถึงแอนิเมชั่นโดยรวม แอนิเมชั่นญี่ปุ่นผลิตขึ้นตั้งแต่ราวปี 1917 อย่างไรก็ตาม จนกระทั่งช่วงทศวรรษที่ 70 และ 80 รูปลักษณ์และความรู้สึกของอนิเมะที่เราคุ้นเคยในปัจจุบันเริ่มเป็นที่นิยม ในช่วงเวลานั้น ซีรีส์อย่าง “กันดั้ม” ได้รับความนิยมในประเทศตะวันตก สิ่งนี้แตกต่างกับมังงะอย่างมากเนื่องจากมังงะในรูปแบบที่ง่ายที่สุดคือหนังสือการ์ตูนญี่ปุ่น Modern Manga มีต้นกำเนิดในช่วงสงครามโลกครั้งที่สอง และได้รับอิทธิพลอย่างมากจากหนังสือการ์ตูนตะวันตกและศิลปะญี่ปุ่นก่อนสงคราม
อนิเมะส่วนใหญ่จะมาจากมังงะ แต่ไม่ได้หมายความว่า Manga จะเหมือนกัน เหตุผลก็คือจุดประสงค์หลักของอนิเมะและมังงะคือการทำกำไร ดังนั้นต้นทุนในการผลิตของทั้งสองจึงแตกต่างกันมาก มังงะจะมีค่าใช้จ่ายน้อยลงเช่นเดียวกับที่อยู่ในรูปแบบกระดาษ ดังนั้นรายละเอียดจำนวนมากจึงสามารถเข้าไปในเนื้อหาได้ นอกจากนี้ ปริมาณของรายละเอียดก็มีความสำคัญเนื่องจากอนิเมะส่วนใหญ่มาจากมังงะ อย่างไรก็ตาม รายละเอียดบางอย่างจำเป็นต้องละทิ้งไปในบางครั้งเมื่อพูดถึงอนิเมะ และเหตุผลก็คือต้นทุนในการผลิตอนิเมะนั้นสูงกว่ามังงะมาก ดังนั้นเนื้อเรื่องย่อยที่สำคัญของตัวละครบางตัวจึงต้องถูกละทิ้งไป เพื่อลดงบประมาณ ความแตกต่างอีกประการหนึ่งก็คือบางครั้งอนิเมะจะเคลื่อนไหวเร็วเกินไปในแง่ของการพัฒนาเรื่องราว และเพื่อป้องกันไม่ให้สิ่งนี้เกิดขึ้น อนิเมะบางเรื่องจึงละเว้นจากเนื้อเรื่องในสิ่งที่เรียกว่าส่วนโค้งเติมซึ่งไม่เกี่ยวข้องกับโครงเรื่องจริง นี่ไม่ใช่กรณีในมังงะ ความแตกต่างอีกประการหนึ่งคืออะนิเมะต้องยึดติดกับช่วงเวลา ดังนั้นบางครั้งบางฉากต้องถูกตัดออกจากมังงะเพื่อให้บทจบตรงเวลาโดยมีบางสิ่งเกิดขึ้นมากกว่าไม่มีอะไรเกิดขึ้นในแง่ของการพัฒนาเรื่องราว